MYD88 L265P Mutacja somatyczna w makroglobulinemii Waldenströma AD 2

Rodzinne grupowanie makroglobulinemii Waldenströma i innych zaburzeń komórek B sugeruje, że czynniki genetyczne odgrywają rolę w patogenezie makroglobulinemii Waldenströma u niektórych pacjentów.4-6 Gammopatia monoklonalna IgM o nieznanym znaczeniu (MGUS) charakteryzuje się obecnością monoklonalnego białka IgM oraz brak zajęcia szpiku na histologicznym badaniu.1 IgM MGUS może przejść do makroglobulinemii Waldenströma lub innych zaburzeń limfoproliferacyjnych limfocytów B, z szacowanym prawdopodobieństwem progresji 1,5 do 3,0% rocznie. 7-9 Przypadki onkogenne odpowiedzialne za progresja IgM MGUS do makroglobulinemii Waldenströma jest nieznana. Znajomość genetycznych zdarzeń odpowiedzialnych za patogenezę makroglobulinemii Waldenströma może pozwolić na postęp w badaniach diagnostycznych i opracowaniu terapii celowanych. Metody
Pacjenci i próbki komórek
Przeprowadziliśmy sekwencjonowanie całego genomu u 30 pacjentów, którzy spełnili kryteria diagnostyczne dla makroglobulinemii Waldenströma.1 Ich udział został zatwierdzony przez instytutowy organ recenzujący w Dana-Farber Cancer Institute, a my złożyliśmy wniosek o odłożenie danych dotyczących sekwencjonowania całego genomu. w bazie danych genotypów i fenotypów (dbGaP) Narodowego Centrum Informacji Biotechnologicznej (NCBI). Pierwszy i ostatni autor ręczy za dokładność i kompletność danych i analiz. Wszyscy uczestnicy wyrazili pisemną świadomą zgodę. Charakterystykę pacjentów podsumowano w Tabeli S1 Dodatku Uzupełniającego, dostępnej wraz z pełnym tekstem tego artykułu na stronie. Dwóch pacjentów miało krew spokrewnioną z makroglobulinemią Waldenströma, a 7 pacjentów miało krew spokrewnioną z innym rakiem z komórek B. Komórki jednojądrzaste szpiku kostnego i krwi obwodowej sortowano przy użyciu perełek magnetycznych (Miltenyi). Czystość izolowanych limfocytów B (CD19 +) wynosiła więcej niż 90%, a mediana klonalnej populacji limfocytów B, oceniona za pomocą analizy restrykcyjnej łańcucha lekkiego, wynosiła 96%. Komórki jednojądrzaste z krwi obwodowej pozbawione CD19 stosowano jako normalne sparowane próbki.
Sekwencjonowanie całego genomu
DNA o dużej masie cząsteczkowej wyizolowano przy użyciu zestawu Mini DNA AllPrep DNA / RNA (Qiagen). Budowę biblioteki i sekwencjonowanie całego genomu klonów sparowanych zakończono za pomocą Complete Genomics, jak opisano wcześniej.10-12 Sekwencje odczytu dopasowano do referencyjnego genomu NCBI Build 37. Zastosowano kompletne narzędzie do analizy genomu (CGAT), wersja 1.3. do identyfikacji somatycznych wariantów o wysokim poziomie ufności, takich jak o somatycznej ocenie wynoszącej 0,1, wskazującej na szacunkowy jeden fałszywy wariant somatycznej pojedynczej nukleotydy na 17,7 Mb DNA.13,14 Liczbę kopii oszacowano na podstawie procentu guaniny-cytozyny ( GC) znormalizowana głębokość odczytu, a nabyta disomia jednoosobowa została zidentyfikowana jako neutralna pod względem kopii utrata heterozygotyczności
[więcej w: protezy acetalowe cena, utajona niedoczynność tarczycy, apteka internetowa elbląg ]