Genetyczne przyczyny wad nerek w zespole DiGeorge ad

Wykonaliśmy genotypowanie genomewidów do analizy zmian liczby kopii w 2080 tych próbek. Wśród dodatkowych 586 pacjentów z wrodzonymi anomaliami nerek i układu moczowego wykonano sekwencjonowanie całego egzomu (w 60 próbkach) lub ukierunkowane sekwencjonowanie nowej generacji i walidację Sanger (w 526 próbkach). Wszyscy pacjenci wyrazili pisemną świadomą zgodę. Badanie zostało zatwierdzone przez instytutową komisję ds. Oceny w każdym miejscu. (Opisy pacjentów, analizy defektów splotu u danio pręgowanego, analiza lokalizacji tkanki u pacjentów i danio pręgowanego oraz generowanie i analiza modelu myszy są podane w sekcji Metody w Dodatku Dodatkowym.) Analizy genetyczne
Korzystając z próbek uzyskanych od 2080 pacjentów z wrodzonymi wadami nerek i dróg moczowych oraz 2294 kontrolami, wykonaliśmy genotypowanie genomowe w celu analizy zmienności liczby kopii za pomocą mikromacierzy z pojedynczym nukleotydem polimorfizmu (SNP) wyprodukowanej przez Illumina (1820 próbek) lub Affymetrix (260 próbek), jak opisano wcześniej.19-21 Przeprowadziliśmy również sekwencjonowanie całego egzonu na próbkach uzyskanych od 60 pacjentów za pośrednictwem Centrum Yale dla Mendelian Genomics, jak opisano powyżej.22-24 Przeprowadziliśmy wysokowydajne sekwencjonowanie nowej generacji dla ośmiu genów w minimalnym regionie nakładania się 370-kb dla zespołu DiGeorge a w próbkach uzyskanych od dodatkowych 526 pacjentów wykorzystujących przechwytywanie łańcuchowej reakcji polimerazy (Fluidigm) sprzężonej z sekwencjonowaniem nowej generacji w systemie Illumina 2500 HiSeq, jak opisano poprzednio.25,26 Poddaliśmy ekskrypty CRKL ponownemu sekwencjonowaniu w próbkach uzyskanych od 576 nietkniętych kontroli i od 1152 pacjentów dotkniętych nefropatią IgA, ale z prawidłowymi wynikami w ultrasonografii nerek. Te dodatkowe 1728 kontroli dopasowano do pacjentów zgodnie z ich rodowodem pochodzenia i miejscem rekrutacji.
Wyniki
Pacjenci z 22q11.2 Usunięcie
Tabela 1. Tabela 1. Charakterystyka 14 pacjentów z mikrodelecjami w miejscu 22q11.2 związanym z zespołem DiGeorge a. Rysunek 1. Ryc. 1. Genomowa organizacja chromosomu 22q11.2 oraz delecje związane z wadami nerek i układu moczowego zidentyfikowanymi w tym Badanie. U około 90% pacjentów z zespołem DiGeorge a, wrodzone zaburzenie jest spowodowane przez klasyczną de novo heterozygotyczną delecję o długości w przybliżeniu 2,5 mb obejmującej powtórzenia o niskiej liczbie kopii chromosomu 22q11.2 (LCR22) A i D, jak pokazano w niebieskim. U mniej niż 10% pacjentów z tym zespołem występuje istotna delecja 1,5-mb między LCR22 A i B. Pokazane na czerwono są delecjami zidentyfikowanymi u 14 pacjentów, u których wystąpiły wrodzone anomalie nerek i dróg moczowych wśród 2080 pacjentów którzy zostali przetestowani. Według współrzędnych megabazy dla uwalniania ludzkiego genomu 19, bliższe i dalsze punkty graniczne dla delecji chromosomu 22q11.2, które zidentyfikowano u pacjentów, są następujące: P1, 18,88 do 21,47 mb; P2, 18,89 do 21,47 mb; P3, 20,73 do 21,46 mb; P4, 21,02 do 22,47 mb; P5, 21,05 do 21,47 mb; P6, 21,06 do 21,47 mb; P7, 21,06 do 21,46 mb; P8, 21,06 do 21,46 mb; P9, 21,07 do 21,46 mb; P10, 21,08 do 21,47 mb; P11, 21,09 do 21,47 mb; Pacjent z kohorty replikacyjnej (RP1), 18,88 do 21,46 mb; RP2, 20,74 do 21,46 mb; i RP3, 20,74 do 21,46 mb
[hasła pokrewne: stomatolog bielsko biała, dentysta bielsko biała, bortezomib ]