Genetyczne przyczyny wad nerek w zespole DiGeorge ad 7

Odwrotnie, SERPIND1, SNAP29, CRKL i THAP7 niosą mutacje powodujące utratę funkcji w nie więcej niż 2 na 10 000 osób. Spośród ponad 60 500 publicznie dostępnych kontroli populacji z bazy Exome Aggregation Consortium (ExAC) (exac.broadinstitute.org) tylko miał w CRKL wysokiej jakości wariant utraty funkcji, który plasuje się w górnej drugiej percentyl genom dla haploinsuficiency – innymi słowy, istnieje wysokie prawdopodobieństwo szkodliwego wpływu na fenotyp, gdy usuwana jest tylko jedna kopia genu. To odkrycie sugeruje, że zmiany utraty funkcji CRKL mają szkodliwy wpływ na sprawność genetyczną (tabela S3 w dodatku uzupełniającym) .39 Przeprowadziliśmy także ukierunkowane sekwencjonowanie następnej generacji wszystkich 107 egzonów kodujących PI4KA, SERPIND1, SNAP29, CRKL, AIFM3, THAP7, P2RX6 i SLC7A4 u 526 pacjentów z agenezją nerek lub hipodysplazją. Zidentyfikowaliśmy sześć wariantów utraty funkcji u 11 pacjentów: dwa w SERPIND1, jeden w CRKL, jeden w AIFM3 i dwa w P2RX6 (u 7 pacjentów) (tabela S7 w dodatkowym dodatku). Mutacje utraty funkcji w SERPIND1 powiązano z mendlowską chorobą krzepnięcia (niedoborem kofaktora II heparyny), która nie jest znana w związku z rozwojem nerek i dróg moczowych.40 W przeciwieństwie do tego stwierdzono mutację CRKL, p.Q31 *, u pacjenta (P13) z izolowaną jednostronną agenezją nerek i przewidywano, że będzie skutkować niewydolnością serca. Zidentyfikowaliśmy także cztery dodatkowe warianty missense, które nie występowały w bazie danych ExAC, które były konserwowane u kręgowców, i które według przewidywań wpłynęły na strukturę i funkcję białka (Tabela S8 i Ryc. S9 i S10 w Dodatku Uzupełniającym).
Sekwencjonowanie całego DNA DNA uzyskanego z P13 nie wykazało patogennych mutacji w genach, które wcześniej wiązały się z wrodzonymi wadami nerek i dróg moczowych lub wariantami utraty funkcji u nowo wiarygodnych kandydatów (tabela S9 w dodatkowym dodatku). Wreszcie, z powodu formalnej możliwości, że odkryte warianty CRKL były polimorfizmami specyficznymi dla populacji, przeprowadziliśmy ukierunkowane ponowne sekwencjonowanie na próbkach uzyskanych od 576 dodatkowych kontroli i od 1152 pacjentów z nefropatią IgA i normalnych wyników w ultrasonografii nerek, którzy byli dopasowani do naszych pacjentów zgodnie z tło etniczne i rekrutacja. Wszystkie warianty CRKL były nieobecne w ponad 60,500 kontrolach populacji z bazy danych ExAC i 1728 kontrolnych. Agregacja naszych danych sekwencjonowania i przeprowadzanie testów obciążeniowych u 586 pacjentów z wrodzonymi anomaliami nerek i układu moczowego oraz 33 352 kontrole europejskie z grupy ExAC lub 1728 dopasowanych pod względem etnicznym i geograficznym kontroli wykazała znaczny nadmiar rzadkich funkcjonalnych wariantów CRKL u naszych pacjentów (P = 3,7 × 10- 3 według dokładnego testu Fishera dla porównania z kontrolami ExAC, iloraz szans, 5,2 i P = 4,9 x 10-3 dla porównania z dopasowanymi kontrolami, iloraz szans, 14,8) (Tabela S10 w dodatkowym dodatku).
Ekspresja i badania funkcjonalne CRKL
Przeprowadziliśmy badania ekspresji mRNA i białek w odpowiednich tkankach i zbadaliśmy model myszy z mutacją Crkl. U ludzi białko CRKL wykazywało łagodną, rozproszoną ekspresję cytoplazmatyczną zarówno w pączkach moczowodu, jak i metanetycznych pochodnych mezenchymatycznych podczas szóstego tygodnia rozwoju płodowego (ryc.
[patrz też: zaburzenia odżywiania warszawa, endermologie lpg, dominik gawęda psycholog opinie ]